La preservación de un ecosistema es vital para la supervivencia de los animales y plantas silvestres, la protección de reductos de ecosistemas únicos es una medida para recuperar poblaciones que de manera natural son pequeñas y con tasas de natalidad bajas o que han sido reducidas por la cacería o falta de hábitat apropiado. El Refugio Nacional de Vida Silvestre Caño Negro es un sitio de importancia para la conservación por su riqueza en fauna y flora.

La declaración de los humedales de Caño Negro como Refugio Nacional de Vida Silvestre y sitio Ramsar es la primera fase de un proceso de conservación de la zona, pero la implementación de proyectos de investigación científica que generen y apoyen los lineamientos básicos para la protección del humedal de la zona es indispensable para la conservación a mediano y largo plazo mediante la definición de estrategias de manejo del mismo.

Dentro de esta área protegida la investigación es uno de los pilares fundamentales que darán herramientas a las autoridades para el adecuado manejo y conservación del Refugio y sus zonas de influencia. Dentro de las necesidades y propuestas desarrolladas a través de los años se ha planteado en repetidas ocasiones la necesidad de contar con un Centro de Investigación que preste los servicios básicos para investigadores y además, que gestione la investigación en temas prioritarios dentro del Refugio y sus zonas de influencia.

Además, dentro de la Estrategia de Investigación del Área de Conservación Arenal Huetar Norte (ACAHN) se establece incrementar el conocimiento requerido, por medio de la investigación, para la conservación y el desarrollo de los recursos de la biodiversidad del ACAHN y facilitar su recopilación y divulgación mediante:

1. Investigación dirigida a conservar y usar sosteniblemente la biodiversidad del ACAHN.

2. Establecer los mecanismos de coordinación con las diferentes organizaciones que realizan investigación sobre la biodiversidad del ACAHN.

3. Desarrollo de investigaciones dirigidas a conocer la biodiversidad de ecosistemas particulares del Área como Caño Negro.

4. Priorizar especies a investigar.

5. Identificación de las necesidades de investigación, dirigidas a establecer o fortalecer prácticas de uso sostenible de la biodiversidad.

6. Recopilar información básica requerida para el manejo de especies.